北京作为都城，最早关于疫情的记载是在蒙古人建立中央政权的元代。元至元十二年（）有史料记载：“大都饥疫流行，疫者众，乞以积谷赈济。”大都指今天的北京，元代皇帝忽必烈建了两个都城，除北京称元大都外，还有一个元上都，这个上都在今天内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗的金莲川草原上。
忽必烈采用了两都巡幸制度，但当时办公理政的大部分时间是在草原上的都城，其中很大一个原因是为了避开病疫。
在北京初建皇城，是有一个紫禁城的，不过那只是一片草原，上置金帐，可以跑马，因此元代初时京城疫病还不易流行爆发。
明代北京地区发生瘟疫，史料记载有12次（《北京灾害史》），那时的瘟疫主要是伤寒、天花、白喉、鼠疫、猩红热、霍乱等，但古代没有准确名称。
如明万历十年（）通州大疫，史称“大头瘟”，又称“大头风”，染病的人头面红肿、发热，传染性极强，以至“比屋传染，虽至亲不敢问吊”，而崇祯十六年二月的京城大疫，被称作“疙瘩病”，《明通鉴》记载的疫情是“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收殓者。”
清朝在北京建都，顺治继位不久遇京城天花流行，宫中也出现疫情。先在太监中发病。
顺治18年（），孝庄文皇后发现苗头，急令染病的三个小太监出宫隔离，安置到西郊寺庙中，观察一百天，而且要求“日观其恙，三日一报”。而皇子则到福佑寺避痘。
顺治突然驾崩，选皇子继位时，就考虑到了玄烨儿时已出过痘，不会再染天花，所以由孝庄文皇后做主，由玄烨继任皇帝，成为后来执政60多年的康熙大帝，但脸上是有麻子的，就是出痘疹的记念。
而顺治出家是一种猜测，实际上是死于天花，清末民初唐邦治辑《清皇室四谱》有记载说，顺治皇帝“因病痘崩于养心殿，寿二十有四”。
其实顺治作为清朝到北京的第一代皇帝，对防天花传染是非常重视的，甚至专设有“查痘章京”这样的官职，相当于在宫廷建立疾控中心。顺治身边多位亲王贝勒都死于天花，如豫亲王多铎，和硕敬谨亲王尼思哈，英王阿济格的两个福晋，都是出痘而亡。
除了自己到南苑避痘，顺治还给各蒙古王公发敕谕：“……朕自亲政以来，未得一见，岂朕忘尔等哉，盖因地广事烦，且痘症流行，尔等远来之日，朕复出巡幸，是以相见甚疏勿。”（《清世祖实录》）
到雍正、乾隆朝，种痘的技术成熟了，太医院的痘疹科并入了小方脉，有了专门的“痘医”为小儿种痘防疫，因此清朝史记中的“至避痘所”，“免朝贺”，“出痘薨”等记载，才渐渐少了。
不过，在嘉庆皇帝上台后杀和珅时，给和珅列了二十大罪状，其中就有防疫不力这一条：说皇上让蒙古王公没有出痘的人就不必来京见面了，可和珅却擅自下令，让蒙古王公不管有没有出痘，都不用来京见面，“和珅擅令已、未出痘者俱不必来”。
貌似皇帝要杀大臣，可以随便找罪名扣上，后来嘉庆皇帝做了变通，如蒙古王公要见，不管出不出痘，都到避暑山庄（河北承德）去接见。
种痘解决了皇室内部防疫问题，朝廷又开始注意海外输入的防控规定，“凡有海艘回国，及各国船到本国，必先遣人查看有无出痘疮者，若有则不许入口，须待痘疮平愈，方得进港。”当时，清朝防疫技术措施先进，俄罗斯专门派人来学痘医，种痘技术又陆续传入日本、中东、欧洲和非洲，直到年英国人詹纳发现“牛痘”。
